目的探讨血清微小RNA-124-3p（miR-124-3p）、长链非编码RNA核富集转录本1（lncRNA NEAT1）在子宫内膜异位症（EMS）患者中的水平与病情严重程度、不孕的关系。方法选取2022年10月至2025年1月于该院确诊的150例EMS患者作为EMS组。根据确诊时是否合并不孕分为合并不孕组（54例）、未合并组（96例）。根据R-AFS分期标准将其分为Ⅰ期、Ⅱ期、Ⅲ期、Ⅳ期。另将同期在该院体检健康的150例非EMS育龄期女性纳入对照组。采用实时荧光定量聚合酶链反应测定所有研究对象血清miR-124-3p、lncRNA NEAT1水平。采用Spearman相关分析EMS患者血清lncRNA NEAT1、miR-124-3p水平与R-AFS分期的关系。采用Pearson相关分析EMS患者lncRNA NEAT1与miR-124-3p水平之间的关系。采用多因素Logistic回归分析EMS患者合并不孕的影响因素。采用受试者工作特征（ROC）曲线分析血清lncRNA NEAT1、miR-124-3p对EMS患者合并不孕的辅助诊断价值。结果EMS组血清lncRNA NEAT1水平高于对照组（P＜0.05）,miR-124-3p水平低于对照组（P＜0.05）。与Ⅰ期患者比较,Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ期患者血清lncRNA NEAT1水平升高（P＜0.05）,miR-124-3p水平降低（P＜0.05）。与Ⅱ期患者比较,Ⅲ、Ⅳ期患者血清lncRNA NEAT1水平升高（P＜0.05）,miR-124-3p水平降低（P＜0.05）。与Ⅲ期患者比较,Ⅳ期患者血清lncRNA NEAT1水平升高（P＜0.05），miR-124-3p水平降低（P＜0.05）。合并不孕组患者血清lncRNA NEAT1水平高于未合并组（P＜0.05）,miR-124-3p水平低于未合并组（P＜0.05）。Spearman相关分析结果显示,血清lncRNA NEAT1水平与EMS患者R-AFS分期呈正相关（rs=0.581,P＜0.05）,血清miR-124-3p水平与EMS患者临床分期呈负相关（rs=-0.767,P＜0.05）。Pearson相关分析结果显示,EMS患者血清lncRNA NEAT1水平与miR-124-3p水平呈负相关（r=-0.420,P＜0.05）。血清miR-124-3p水平升高为EMS患者合并不孕的保护因素（P＜0.05）。血清lncRNA NEAT1水平升高为EMS患者合并不孕的危险因素（P＜0.05）。miR-124-3p联合lncRNA NEAT1辅助诊断EMS患者合并不孕的曲线下面积（AUC）为0.932,大于二者单独检测的AUC（P＜0.05）。结论EMS患者血清miR-124-3p水平降低、lncRNA NEAT1水平升高,且与病情严重程度及不孕密切相关,二者联合检测对EMS患者合并不孕具有较高辅助诊断价值,可为临床评估病情及指导治疗提供参考。