目的探讨中脘穴艾灸联合中医推拿治疗脾胃虚弱型儿童功能性消化不良（FD）的疗效及对肠道菌群的影响。方法选取2024年3月至2025年3月邢台医学院第二附属医院收治的102例FD患儿作为研究对象，采用随机数字表法分为观察组和对照组，每组51例。对照组采用中医推拿进行治疗，观察组在对照组的基础上联合中脘穴艾灸进行治疗。比较2组治疗前后中医证候积分、临床疗效、尼平消化不良指数（NDI）、Bristol粪便性状评分表（BSFS）评分及肠道菌群变化情况。统计2组治疗期间不良反应发生情况。结果治疗后，2组胃脘隐痛或痞满、喜温喜按、泛吐清水、食少或纳呆、疲乏、手足不温、便溏、舌脉中医证候积分、主症合计、次症合计、总分及NDI、BSFS评分，以及肠杆菌、酵母样菌水平均低于治疗前，且观察组均低于对照组，差异均有统计学意义（P＜0.05）。治疗后，2组乳酸杆菌、双歧杆菌水平及双歧杆菌与肠杆菌科细菌数量的比值均高于治疗前，且观察组均高于对照组，差异均有统计学意义（P＜0.05）。观察组治疗总有效率为94.12%，高于对照组的80.39%，差异有统计学意义（P＜0.05）。2组治疗期间不良反应发生情况比较，差异无统计学意义（P＞0.05）。结论中脘穴艾灸联合中医推拿治疗脾胃虚弱型儿童FD能够有效降低临床证候积分，提高肠道有益菌的分布，改善肠道功能，提高患儿生活质量，联合疗效优于单一疗法。