目的探讨宏基因组学二代测序（mNGS）在常规检测方法难以诊断的Q热心内膜炎中的应用价值。方法于该院就诊的1例感染性心内膜炎患者长期感染控制不佳，且多次血培养结果阴性，结合患者既往职业，采集血标本进行mNGS检测。以mNGS、心内膜炎和Q热为关键词，对中国知网、万方数据库、PubMed数据库2020-2024年发表的文献进行文献检索。结果该患者 mNGS结果显示贝纳柯克斯体552序列数，细环病毒21序列数，念珠菌5序列数，提示贝纳柯克斯体引起感染性心内膜炎可能。结合病例分析和文献复习，血培养在感染性心内膜炎患者存在一定漏诊率，规范应用mNGS可有效提升感染性心内膜炎患者病原学诊断效率。结论Q热心内膜炎是一种由贝纳柯克斯体引起的人畜共患疾病，因其血培养阴性且不被感染性心内膜炎经验性抗菌谱所覆盖，在临床诊治方面常常存在许多困难。对于常规检查无法明确病原学的感染性心内膜炎及其他感染性疾病，合理应用mNGS可以尽早明确病因，协助诊治。